10 октября 1922 года Училище командного состава флота было преобразовано в Военно-морское училище. Целевая установка предусматривала подготовку командира-единоначальника для военно-морской службы без прежнего разделения по специальностям (строевого командира). Выпускники могли назначаться на должности помощников вахтенного начальника на корабли 2-го и 3–4-го рангов, плутонговых командиров артиллерии или торпедного оружия, ротного командира на корабле, командира взвода корабельного десанта или штурмана на корабли 1-го ранга. Полученные знания и навыки должны были обеспечить продвижение по службе до командира корабля 2-го ранга включительно. В дальнейшем командир мог совершенствовать подготовку на специальных курсах усовершенствования командного состава и в Военно-морской академии. Такая целевая установка соответствовала требованиям корабельной службы 1920-х годов, установленным Корабельным уставом. Строевых командиров широкого профиля училище выпускало с 1924 по 1930 год включительно. В 1924 году училище выпустило 32 командира РККФ.
В 1924/25 учебном году продолжались изменения организационной структуры и штатной численности училища. На трёх специальных курсах по прежнему штату полагалось иметь 350 слушателей. К 1 октября 1924 года было завершено очередное комплектование училища, на младший специальный курс зачислили 173 слушателя. С осени 1924 года, после расформирования подготовительного училища, в Военно-морском училище был создан общеобразовательный отдел, где проводилась общеобразовательная подготовка. Его сформировали сразу из трёх курсов, чтобы дать поступившим законченное среднее образование.
Осенью 1924 года в отдел приняли 338 человек, из них 135 человек составляли младший общеобразователь-ный курс. Зимой 1925 года были введены новое Положение о Военно-морском училище и новый штат училища. В Положении указывалось, что задача Военно-морского училища состоит в том, чтобы готовить средний командный состав для РККФ. В августе 1925 года была объявлена новая Инструкция о приёмных испытаниях. В ноябре 1925 года при училище были сформированы так называемые параллельные классы комсостава флота. Трёхлетний курс параллельных классов предусматривал подготовку в объёме про-
граммы Военно-морского училища командиров в возрасте до 35 лет, выдвинутых на руководящие посты в годы советской власти, но не получивших ранее законченного образования. В 1928–1937 годах было произведено девять выпусков параллельных классов.
7 января 1926 года по ходатайству личного состава Военно-морского училища ему было присвоено имя Михаила Васильевича Фрунзе. В 1926 году для слушателей училища было официально введено воинское звание «курсант». Окончившим старший специальный курс училища присваивалось звание «корабельный курсант».
После экзамена, в конце летней кампании на флоте, выпускники получали звание «командир РККФ». В 1926 году из стен Училища было выпущено 125 человек.
С 1 мая 1926 года ВМУ им. М. В. Фрунзе перешло на новый штат, рассчитанный на 825 курсантов и 75 слушателей параллельных классов.
Важнейшим организационно-штатным изменением явилось создание осенью 1926 года гидрографического отделения, заменившего Военно-морское гидрографическое училище, которое после выпуска старшего курса, передав для доучивания в Военно-морское училище им. М. В. Фрунзе 35 второкурсников, с 16 августа 1926 года закрылось.
В августе приказом Реввоенсовета СССР для ВМУ им. М. В. Фрунзе ввели на специальных курсах четырёхлетний срок обучения. Кроме того, было принято решение о ликвидации с 1926 года младшего общеобразовательного, а с 1927 года и среднего общеобразовательного курсов с таким расчётом, чтобы с 1927/28 учебного года в училище остался только одногодичный подготовительный курс.
Летом 1927 года в училище состоялся шестой выпуск 109 командиров с основного старшего специального курса и 11 гидрографов. В связи с переходом на четырёхлетний срок обучения по основной специальности в 1929 году училище выпуска не производило. Его окончили лишь курсанты политического отделения, завершившие учёбу по программам бывшего Военно-морского политического училища, и слушатели параллельных классов. Первомай 1930 года был отмечен в училище очередным, восьмым, выпуском 127 флотских командиров.
Новая корабельная организация, введённая Корабельным уставом ВМС РККА (1932 года), предусматривала расписание личного состава по секторам (наблюдения и связи, штурманского, артиллерийского, минного, электромеханического и авиационного). В 1932 году в учебном заведении ввели принципиально новую организацию. В её основу положили подразделение на четыре сектора: надводный, подводный, авиационный и гидрографический. Надводный сектор включал три дивизиона — штурманский, артиллерийский и минно-торпедный; подводный сектор состоял из штурманского и минно-торпедного дивизионов. Авиационный сектор готовил лётчиков-наблюдателей для морской авиации.